أنشىء مركز بحوث العلوم الاقتصادية في مدينة بنغازي بموجب قرار اللجنة الشعبية العامة (سابقا) رقم (320/ 1986) بحيث تكون له الشخصية الاعتبارية والذمة المالية المستقلة، ويتبع الهيئة القومية للبحث العلمي، ثم أعيد تنظيمه بموجب قرار اللجنة الشعبية العامة (سابقا) رقم (494/ 2009)،ليتبع المجلس الوطني للتطوير الاقتصادي، ثم نقلت تبعيته مؤخرا إلى هيئة أبحاث العلوم الإنسانية والاجتماعية بموجب قرار مجلس الوزراء رقم(215/ 2014) بشأن إنشاء المجلس الأعلى للبحث العلمي.